Sejak Oktober 2011 Petar Segrt adalah pelatih kepala PSM Makassar. Klub Sangat tradisional[5] yang tahun lalu memiliki banyak masalah dan bahkan tidak ada satupun pemain tim nasional lagi. Setelah hanya satu musim di Liga Primer Indonesia Segrt mengembangkan 10 pemain baru di tim nasional Indonesia, enam pemain diundang untuk tim nasional Indonesia A.[6] dan empat pemain diundang untuk tim nasional Indonesia U-23.[7] Setelah keberhasilan Segrt yang dicapai pada musim itu, Juli 2012 manajemen PSM Makassar menawarinya perpanjangan kontrak 5 tahun, yang sangat biasa bagi klub Indonesia.[8] Petar Segrt juga telah membuat catatan takterkalahkan di kandang dalam laga di Liga Primer Indonesia, yang merupakan pertama kalinya bagi PSM Makassar dalam 97 tahun sejarah, ia juga memiliki tim termuda di Liga Primer Indonesia dengan usia rata-rata para pemain adalah 22. Pada bulan Desember 2012, Petar Segrt memimpin tim memenangkan Piala Wali kota di Ternate.[9] Itu adalah trofi pertama bagi PSM Makassar setelah hampir 12 tahun.